Кость Маджина

События происходят в Японии, начиная с 1990-х годов. Фильм охватывает три периода жизни главного героя Такаки Тоно, растянутые более чем на десятилетие. Каждая часть представляет отдельный этап его отношений. Первая часть, "Отрывок о цветущей сакуре", начинается в 1994 году, когда Тоно заканчивает младшие классы школы. В это время он знакомится с Акари, но их общение прерывается из-за переезда семьи девушки.

Несмотря на расстояние, подростки поддерживают связь через письма и редкие встречи. Через год Тоно решает передать Акари письмо с признанием в чувствах. При встрече происходит их первый поцелуй, но письмо теряется, после чего их пути окончательно расходятся. Вторая часть, "Космонавт", показывает период учебы Тоно в средней школе на другом острове, где в него влюбляется одноклассница Канаэ Сумида.

Третья часть, "5 сантиметров в секунду", изображает Тоно уже взрослым, работающим по специальности. После расставания с девушкой, с которой у него были долгие отношения, он оставляет работу и переживает период поиска смысла жизни. Во время случайной прогулки по окраинам города происходит его неожиданная встреча с Акари, его первой любовью из школьных лет.