Мув-Лув: Альтернатива 2

В 1967 году космическая исследовательская команда на Луне была уничтожена, а их корабль захвачен инопланетными силами. Эти внеземные существа, получившие обозначение BETA, начали вторжение на Землю с целью порабощения человечества. Многие страны оказались под контролем захватчиков, однако Японии удалось организовать эффективную оборону и сохранить независимость своей территории.

В состав японских оборонительных сил вступила Юи - молодая женщина, происходящая из рода самураев. Её задачей стало участие в боевых действиях против BETA. В ходе военных операций психическое состояние Юи претерпело значительные изменения. В этот период она познакомилась с другим военнослужащим по имени Юе, между ними сформировались товарищеские отношения.

Сюжетная линия под названием Alternative начинается с пробуждения персонажа Такеру в своей комнате через три года после событий Muv-Luv Unlimited. Он осознаёт, что был перемещён в прошлое, к периоду действий Unlimited. Такеру принимает решение помочь профессору Кодзуки в реализации проекта "Альтернатива IV", целью которого является спасение человечества от инопланетной угрозы.